匿名化の方法は連結可能匿名化でおこないます。多施設共同研究であるので、SSLシステム（複数暗号化システムを組み合わせたセキュリティーシステム：郵送より安全とされている）と、専用ツールを用いてインターネットを通してWebサイトから登録します。
また、専用ツールは専用鍵が必要となるため、より強固なセキュリティを維持しています。

　既存資料のため医学的不利益は生じないと思われます。社会的不利益も極めて少ないと想定されるが、もし生じた場合は個々に全国肺癌登録合同委員会で合議を行ない対応します。 　　全国肺癌登録業務内容を日本肺癌学会、日本呼吸器学会、日本呼吸器外科学会、日本呼吸器内視鏡学会のホームページにリンクさせ、業務の内容を公開します。また、原則登録施設のホームページにおいて全国肺癌登録業務に協力していることを公開し、各個人から本登録の拒否の意思表示があった場合は登録を行いません。